生异志，意图谋反作乱。幸而南匈奴骨都侯喜忠心汉室，识破其阴谋，当机立断率军斩杀安国，平定了内乱，使得北方边境重归安定。
永元六年（94年），西域大地再起波澜。焉耆、尉犁、危须、山国四国，仗着地处偏远、地势险要，公然反叛东汉，不再臣服纳贡。时任西域都护的班超，早已威震西域诸国，听闻四国叛乱，当即调兵遣将，率领西域联军出征讨伐。班超用兵如神，深谙兵法谋略，先以计瓦解四国联盟，再集中兵力各个击破。同年七月，班超大破四国联军，直捣焉耆、尉犁两国都城，斩杀两国国王，将其首级快马传至洛阳，震慑西域诸国。经此一役，西域诸国彻底降服，再也无人敢生反叛之心，汉朝的赫赫威势，自此延及帕米尔高原以西的五十多个国家。这些国家纷纷派遣使者，不远万里来到洛阳，献上本国珍宝，并送纳王子作为质子，以示臣服之心。就连远在西亚的条支、安息两国，以及距离洛阳足有四万里之遥的海滨国家，也辗转翻译双方语言，遣使前来纳贡称臣。《后汉书》之中，以“都护西指，则通译四万”八字，凝练概括了这一盛景，尽显大汉天威。同年十一月，北方鲜卑大都护苏拔廆，在护匈奴中郎将任尚的统领之下，率军征讨北匈奴逢侯单于的叛军。两军在草原之上展开殊死搏杀，鲜卑铁骑骁勇善战，汉军将士奋勇争先，最终大破叛军，斩首一万七千余级，逢侯单于率残部仓皇逃窜，北方边境的隐患进一步消除。
永元七年（95年），刘肇感念班超平定西域、苏拔廆大破匈奴的卓著功勋，特地下诏嘉奖。册封班超为定远侯，食邑千户，以表彰其开拓西域、安定边疆的盖世之功；晋封苏拔廆为率众王，赏赐金帛无数，嘉许其效忠汉室、讨伐叛逆的忠勇之举。两道诏书颁下，朝野上下无不心悦诚服，边关将士更是备受鼓舞，皆愿为大汉江山效犬马之劳。
永元八年（96年）二月，洛阳宫中一派喜庆祥和，刘肇颁下诏书，册立贵人阴氏为皇后，即孝和阴皇后。阴氏出身名门，姿容秀丽，起初深得刘肇宠爱。然而岁月流转，阴皇后性情善妒，渐失帝心。及至永元十四年（102年）六月，阴皇后因构陷他人、行巫蛊之术被废黜，迁居冷宫。同年十月，刘肇下诏册立贵人邓绥为新皇后。邓绥出身南阳邓氏，端庄贤淑，聪慧过人，且“有丈夫之性”，不仅通晓诗书礼仪，更对朝政之事有着独到的见解。刘肇对其十分倚重，常常召她入宫，让她参与并知晓外朝政事，邓绥亦时常以古喻今，为刘肇出谋划策，成为其治理天下的得力助手。
永元十
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