东汉王朝的崩溃却已无法挽回。
黄巾主力覆灭后，各地又涌现出无数分散的割据武装，名号繁多：黑山、白波、黄龙、左校、青牛角、五鹿、羝根、李大目、左髭丈八、苦蝤、刘石、平汉、大洪、白绕、司隶、缘城、罗市、雷公、浮云、飞燕、白爵、杨凤、于毒……数不胜数。
大的势力有两三万人，小的也有六七千人。其中以张燕率领的黑山军最为强盛，号称部众百万，横行河北，朝廷无力征讨，只能暂时招安羁縻。
中平五年（公元188年），黄巾余部再度死灰复燃：
二月，郭泰等于西河白波谷起兵，攻略太原、河东；
四月，汝南葛陂黄巾再起，攻破郡县；
十月，青州、徐州黄巾复起，攻城略地；
十一月，朝廷派鲍鸿讨伐葛陂黄巾，结果大败而回。
这些黄巾余部此伏彼起，虽然规模已不及最初的大起义，却让东汉朝廷疲于奔命、头痛不已。
从张角十余年的秘密经营，到甲子年一声号令天下响应；从势如破竹，席卷八州，到三兄弟败亡、主力尽灭，黄巾起义的主力，仅仅历时九个月便被东汉王朝镇压下去。
但这场起义，彻底摧毁了东汉的统治秩序，揭开了军阀割据、天下大乱的序幕。
大汉王朝的气数，也在这场黄巾风暴中，走到了尽头。