为了加强对地方的控制，防范宗室诸王作乱，大幅强化典签官的权力。典签官品秩虽低（八品），却代表皇帝监察诸王，"诸王行事，典签皆得干预"，甚至"签帅"一词成为典签的专称。诸王的一举一动，皆在皇帝监控之下，动辄得咎。这种制度虽加强了中央集权，却激化了皇帝与宗室的矛盾，使诸王人人自危，为后来的宗室相残埋下祸根。
（三）郁林之乱与明帝篡位
永明十一年（493年），齐武帝去世，皇太孙萧昭业继位，改元隆昌，是为郁林王。这一继承安排本身就有问题——萧昭业是文惠太子萧长懋之子，年仅二十一岁，缺乏政治经验。武帝遗诏以竟陵王萧子良与西昌侯萧鸾共同辅政。
萧子良（460—494年），字云英，是武帝次子，封竟陵王，著名文学家，门下聚集"竟陵八友"（包括萧衍、沈约、谢朓等），在士林中声望极高。萧鸾（452—498年），字景栖，是齐高帝萧道成之侄，自幼父母双亡，由高帝抚养长大，深得信任，历任要职，官至尚书令、领丹阳尹，掌握中枢大权。
萧昭业即位后，奢侈荒淫、不理朝政，宠信奸佞，挥霍无度。他将武帝积蓄的库藏挥霍殆尽，又猜忌萧子良，将其排挤出朝。朝政大权逐渐落入萧鸾手中。
隆昌元年（494年）七月，萧鸾发动政变，派兵入宫，废萧昭业为郁林王，不久将其杀害。萧鸾改立萧昭业之弟萧昭文为帝，改元延兴，自己以宣城郡公、录尚书事身份独揽大权。三个月后，萧鸾再次废帝，自立为帝，改元建武，是为齐明帝。
（四）明帝屠宗：南齐宗室相残的巅峰
齐明帝萧鸾的得位，完全是靠阴谋篡弑而来。他既非高帝、武帝嫡系，又连弑二帝，内心极度不安，深恐高、武子孙报复。这种"得位不正"的恐惧，驱使他展开了南朝历史上最惨烈的宗室屠杀。
建武元年（494年）十月，明帝即位之初，便开始系统性地诛杀高帝、武帝子孙。他先后杀害高帝子鄱阳王萧锵、江夏王萧锋、南平王萧锐、宜都王萧铿等，以及武帝子庐陵王萧子卿、安陆王萧子敬、晋安王萧子懋、随郡王萧子隆等。诸王或被毒杀，或被斩首，或被逼自杀，手段残忍，令人发指。
据《南齐书》记载，高帝十九子，除明帝本人及早死者外，被杀者十余人；武帝二十三子，被杀者亦十余人。高、武二帝的子孙，几乎被诛杀殆尽。明帝甚至杀害了自己的亲兄弟——同为高帝养子的萧缅之子。这种屠杀范围之广、手段之酷，比起刘宋末年有
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