原来奈特已经找到了他的孩子，现在担任学院领导人的圣父。但和游戏中不一样的是，当他把诺拉一起叫到学院里的时候，他们的孩子尚恩因为绝症已经奄奄一息，最后死在了他们的怀里。但这比游戏里面已经幸运得多了，至少在时隔60年后，他们一家又重新团聚了。
不过临死前圣父尚恩把自己的位置交给了奈特，奈特通过一系列谈判与战斗镇压了学院里的反对者后。以承诺停止对地面的所有敌对行为。不再使用合成人替换废土居民，释放所有愿意自由的合成人以及暂停有自我意识的和成人制造为代价取得了铁路的和解。
当然铁路方面也承认，之前洗掉合成人的记忆并注入他们编织好的记忆以及对合成人整容之类的事情，只是在那种困难的环境下的某种应急措施。以后他们只会重新编织自愿改变记忆的合成人的记忆。
现在奈特希望作为民兵将军的莱恩和他合作，集中铁路，学院与民兵的力量重建这片土地上的秩序。
“那钢铁兄弟会呢？”莱恩问道。
“我现在就希望能集合我们的力量让兄弟会坐到谈判桌前来，毕竟这片土地上已经流了太多的鲜血了。”
“好吧，谈判那天叫上我，我和你们一起去。”莱恩答应了奈特的请求。
最后莱恩问了奈特了一个上辈子玩游戏就没搞明白的问题：“为什么学院要制作第三代合成人？明明第一代合成人就能完成的工作，学院为什么非要制作出有自我意识的合成人给自己添堵？”
“我想这是学院里人长时间自我封闭后，看见地面上的落后与愚昧后把自己当成了神灵的原因吧。”奈特用有些无奈的语气说道。
“所以他们妄图制造一种新的生命取代现有的人类，然后他们作为高高在上神灵统治一切。”
“果然如同伟人说的那样，路线错了，知识越多越反动。”莱恩感慨道。“如果学院技术不用在这种歪门邪道上，而是用来改变联邦废土的话。很可能联邦现在已经变成了适合人类生存的好地方了。”
“没错，这就是我为什么选择接受学院领导权的原因了。虽然我依然恨他们夺走了我的孩子，也厌恶他们之前的所作所为。但我知道它里面的技术说不定能改变整个世界，所以，我希望我可以改变学院让学院真正回到正轨上来，为他们之前的所作所为赎罪。我觉得这样子对整个联邦甚至整个世界来说，远比为了一时痛快彻底摧毁它更好。”奈特有些痛苦，但依然坚定的说。
“你说得对。”
…。。