御连判众的意见，认为安芸、石见两国遮蔽阴阳两道与国不利，所以决定调整为出云、石见两国三十万石，宇喜多家获得备前半国十万石领地，尼子家转封备前两郡五万石，因幡武田氏获得伯耆国三万石，备中三村氏获得美作无万石。其他各小号国人获得安堵或转封不一而足。
大友义镇、龙造寺隆信、相良义阳、伊东义佑等九州武士对源义时的号令多有怠慢。虽然及时退出西军却无投效之意。因此归属西军之罪不可免，责令减封并转封亦必不可少，其中龙造寺隆信转封备后半国，相良义阳转封美作国五万石，伊东义佑转封伯耆国五万石，这个减封措施是非常严苛的。
大友义镇转封土佐一国，并告诉他别看土佐一国表高只有不到十万，其实开发新田只需三代人经营便可以提高到三十万石以上。好生劝慰他不要灰心丧气，大友义镇哪会信源义时的鬼话连篇，就算那土佐国真的有那么神奇又能如何？
他可是拥有九州探题，丰前、丰后、筑前、筑后、肥前、肥后六国守护的大大名，坐拥精兵六万俯瞰北九州辽阔的大地，可谓是战将入云猛士如雨，又怎么会让源义时一句话轻飘飘的减封到那犄角旮旯的穷地方，这个土佐国的表高才九万石，还不够塞牙缝的。
大友义镇很恼火，觉得这个右大将简直胡闹。当即就在京都联合龙造寺隆信、相良义阳，伊东义佑商量返回九州发动一揆。结果当晚的阴谋被忍军探知，服部正清带着长尾义景率领的检违非使闯进来，恰好抓住他们在他们写下誓书的空档，可谓是人赃俱获。
源义时得知此事大为震怒，当即就把参与谋逆的九州武士全族俘虏，阖家老幼一起流放到奥州开山挖矿，并处以领地罚没改易的处罚，大友、龙造寺、相良、伊东这四氏的旧臣择优录入东军体系内，如立花道雪、高桥绍运、锅岛直茂等人被直接登为御家人，如甲斐宗运这样强硬派则被一同流放到奥州。
接着就是转封己方的大将，在这个时候却遇到一个难题，是不是应该以征夷大将军的名义开幕，回归大内里的正亲町上皇也在敦促源义时开幕，可朝廷却遇到一个很大的麻烦，当今天皇是足利义昭与织田信长拥立的傀儡，按道理应该废黜流放这个伪皇，比如平清盛曾经拥立的安德天皇就属于这种伪皇，一旦平氏政权崩溃就导致安德天皇跟着平家霸业一起跳入大海自杀，
现在足利义昭与织田信长一囚一死，按照规矩这位伪皇起码要废黜流放处置，可流放这位天皇又要带来一个麻烦，正亲町上皇就只有当今天皇一个嫡子，
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