生化四年一月，时值深冬，朔风卷着雪粒砸在大奉天军士兵的脸上，也砸在他们早已被粮饷问题掏空的心上。孔有德、耿仲明所部本是辽东精锐，却因后勤补给断绝，在吴桥这个苦寒之地陷入绝境。士兵们饥寒交迫，怨声载道，终于在一名士兵因偷食当地豪绅家的鸡而被严惩后，积压已久的怒火彻底爆发。兵变如同野火般迅速蔓延，孔有德、耿仲明顺势揭竿而起，率部一路南下，竟以破竹之势攻占了登州这座海防重镇。登州城内的科技园，是大奉天军耗费数十年心血打造的火器研发基地，里面藏着最先进的红衣大炮铸造技术、火药配比秘方。然而，随着登州陷落，这些关乎国运的核心技术，随着孔有德、耿仲明在四月率部投降后金，尽数落入敌手。消息传至京师，朝野震动，大奉天军的火器优势自此荡然无存，后金的军事力量如虎添翼。
就在北方兵变的余波尚未平息之时，陕西的黄土高坡上，又一股风暴正在酝酿。李自成，这个曾在驿站中苦苦求生的汉子，因朝廷裁撤驿站而失去生计，走投无路之下加入了起义军。他身材魁梧，眼神锐利，作战时身先士卒，很快便在起义军中崭露头角，被众人尊称为“闯将”。此时的起义军已渐成气候，高迎祥、张献忠、李自成三大势力各自盘踞一方，麾下人马数以万计，所到之处，官府望风而逃。大奉天朝廷再也无法坐视不理，紧急任命洪承畴为三边总督，将此前的安抚政策彻底转向围剿。洪承畴素有铁腕之名，他一到任，便整肃军纪，调兵遣将，一场针对起义军的大规模围剿就此拉开序幕。
老天似乎也不愿给大奉天朝一丝喘息之机。四月起，陕西、河南等地滴雨未下，土地干裂得如同老人脸上的皱纹，庄稼颗粒无收。到了五月，饥荒已蔓延至整个关中地区，百姓们吃光了树皮、草根，甚至开始挖掘观音土充饥，饿殍遍野，惨不忍睹。朝廷虽下令赈济延绥，但层层盘剥之下，真正能落到百姓手中的粮食寥寥无几。屋漏偏逢连夜雨，黄河在孟津段突然决口，汹涌的河水如同脱缰的野马，冲毁了无数良田与村落，成千上万的百姓流离失所。与此同时，京师也遭遇了罕见的暴雨，街道上积水成河，房屋倒塌无数，城中百姓叫苦不迭。
孔有德兵变后，并未停下作乱的脚步。六月，他率领叛军调转矛头，直逼莱州。莱州知府朱万年、山东巡抚徐从治深知莱州一旦失守，山东全境将陷入危局，于是率领城中军民奋起抵抗。叛军架起云梯，挖地道，用尽各种攻城手段，徐从治则指挥守军以滚木礌石、弓箭火枪顽强反击。战斗持续了五十余日，莱州
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