有怨的丹阳太守李衡，以“射钩斩袂、不念旧恶”之古义，赦免其罪，令其返回原郡任职，以安其心。
二十八日，册封异母兄孙和之子孙皓为乌程侯，孙皓之弟孙德为钱塘侯，孙谦为永安侯。
群臣奏请册立皇后、太子，孙休下诏推辞：“朕德行浅薄，继承大统，在位日浅，未广布恩德。册立后妃、储君，并非当务之急。”有司再三恳请，孙休始终谦逊未允。
孙綝一门五侯，皆统领禁军，权倾朝野，为东吴立国以来所未有。其奏请之事，孙休皆恭敬顺从，不敢有违，孙綝因此愈发骄横。
孙休表面对其倍加尊崇，下诏称其定策安国有功，比照霍光旧事加以封赏，又加授孙恩为侍中，与孙綝共理政务；同时体恤官民疾苦，减免赋税、宽待兵役，对迎驾有功者一律官升一级，以收拢人心。
孙綝曾宴请左将军张布，酒酣之际口出怨言，称当初废黜少帝时，众人劝其自立，只因认为孙休贤明才奉其为帝，如今却只被视作普通臣子，意欲另作图谋。
张布将此言密告孙休。孙休担忧孙綝发动政变，一面屡次赏赐加以安抚，一面与张布、丁奉暗中谋划，决意借腊祭设宴之机诛杀孙綝。
十二月八日腊祭，孙綝听闻风声，称病不肯赴宴。孙休接连派遣十余位使者相请，孙綝无法推辞，只得前往。临行前与家人约定，府中纵火，便以此为借口返回。
宴会上，孙綝见府中火起，当即请求离去，孙休不许。孙綝欲强行离席，丁奉、张布立即示意左右将其擒获。
孙綝叩头求饶，愿流放交州、或没为官奴，孙休厉声斥责：“当初你为何不将滕胤、吕据流放、贬为官奴，反而将他们诛杀？”
随即下令将孙綝斩首示众，并宣布赦免其同谋者，一时之间，放下兵器归降者多达五千人。
九日，孙休擢升张布为中军督，封赏其弟张惇、张恂；因耻于与孙峻、孙綝同族，特将二人从宗族谱牒中除名，称其为“故峻、故綝”；又为蒙冤而死的诸葛恪、滕胤、吕据改葬祭祀，召回受牵连被流放者。
孙休深知治国之本，下诏推崇教化：古人立国，以教育学习为先，以此引导风俗、陶冶品性、培养人才。自建兴以来，世风逐利、弃本逐末，故当依古制设立学官，立五经博士，选拔官吏子弟入学修习，考核授官，以淳化风俗、弘扬王道教化。
永安二年（259年）正月，雷电频发。三月，完备九卿官制。孙休再次下诏，以**“仓廪实而知礼节，衣食足而知
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